No entiendo bien tus preguntas. Pero, de acuerdo a lo que he podido entender, si tu directorio ya existe pues sencillamente sigue estos pasos descritos en este tutorial, crea un archivo de loop, montalo en un directorio temporal y mueve el contenido de tu directorio dentro del archivo de loop encriptado y luego desmonta el directorio temporal, y monta el archivo de loop en el nombre de directorio que te interesa.

Recuerda que no puedes hacer que se monte automáticamente al momento de booteo porque requerira un password que tu debes proveer, asi que no lo pongas en /etc/fstab.

Ahora si lo que estas buscando es un sistema de archivos encryptado, hay varios tutoriales para las distribuciones más populares en http://www.howtoforge.com.

Respecto a elegir lenuajes de encriptación, no me queda claro que es lo que te interesa, si un lenguaje de programación con soporte para las librerias de encriptación o estas preguntando sobre cual protocolo de encriptación es más seguro, podrias clarificar un poco más eso.

Gracias por leer mi blog.